Den besvärliga situationen i det pelagiska fisket började lätta i slutet av året efter fiskebegränsningar under det första halvåret. Efter en aktiv intressebevakning fick Finland en tilläggskvot för strömming i Bottniska viken under året och fiskebegränsningarna kunde avskaffas i september. Strömmingskvoten i Bottniska viken för år 2006 höjdes också.
Beredningen av en ny strategi och operativt program för strukturperioden 2007-2013 började under året. För havs- och insjöfisket tillsattes särskilda arbetsgrupper.
Lugnt på laxfiskefronten
Situationen i laxfisket var rätt lugn, exceptionellt nog. Endast laxfonden figurerade stort i pressen. Förbundet började förbereda sig för situationen efter år 2007 och en ny laxförordning.
Ministeriet gav en förordning om en begränsning av användningen av drivgarn under åren 2005-2007. Förbundet, och också den arbetsgrupp som miljöministeriet tillsatt för tumlare, hade föreslagit att begränsningen inte skulle gälla drivgarnsfiske efter sik och strömming, men ministeriet noterade inte detta. Förbundet krävde också ersättningar för begränsningarna.
Ministerbesök
Ministerbesöken fortsatte och nu stod jord- och skogsbruksminister Juha Korkeaoja i tur. Korkeaoja besökte Sastmola och Björneborg. Han bekantade sig med yrkesfisket och med fiskehamnar och deras utrymmen. Diskussioner om aktuella ärenden i fisket fördes också.
Äntligen stöd till PU-ryssjor
Fiskarna fick äntligen investeringsstöd för anskaffandet av så kallade sälsäkra redskap, i allmänhet PU-ryssjor. Efter långa diskussioner med ministeriet beviljades fiskarna ett tilläggsstöd så att stödet för de två första ryssjorna blev 70 procent och för de följande 50 procent. 90 fiskare ansökte om stöd för totalt cirka 250 ryssjor och den totala kostnaden var cirka 2,5 miljoner euro. Alla investeringar förverkligades dock inte.
En förvaltningsplan för sälbestånden började beredas, det ordnades också regionala möten under beredning.
Viltskadearbetsgruppen slutförde sitt arbete under hösten efter 16 möten. I förslaget fanns det juridiska grunder för att bevilja ersättningar också för de skador sälarna förorsakar. Finland diskuterade sälfrågan bland annat med kommissionär Joe Borg under hans besök i Finland.

Skarvarbetsgruppens resultat tandlöst
Skarvarbetsgruppen slutförde sitt arbete i oktober och överlämnade sitt förslag till miljöminister Jan-Erik Enestam. Förslaget var tandlöst och förbundet, Maa- ja metsätaloustuottajain Keskusjärjestö (MTK) och Svenska lantbruksproducenternas centralförbund (SLC) lämnade in en gemensam avvikande åsikt i vilken påskyndades omedelbara åtgärder för att begränsa skarvbeståndet. Minister Enestam sade i Hufvudstadsbladet (12.10.2005) att han sällar sig till den avvikande åsikten. Den åsikten ledde dock inte till praktiska åtgärder.
Diskussionen i arbetsgruppen var tidvis rätt färgstark och den gick in på direkta personligheter. I slutskedet väckte formuleringen av ett stycke i förslaget långa diskussioner och krävde flera möten.
Tekniska regler för Östersjön efter lång behandling
Behandlingen av de tekniska reglerna för Östersjön hade tagit lång tid, men en politisk överenskommelse kunde fås till stånd i november och de trädde i kraft 1.1.2006. Många frågor hade varit svåra för Finland, men resultatet var till slut acceptabelt. Ett bomärke från förbundets sida var att det fortfarande var tillåtet att hålla med fälla fångad lax och öring ombord även utanför 4 sjömilsgränsen under sommarfredningen.
Miljöfrågor
Under året noterades höga halter av TBT (organiska tennföreningar) i vissa hamnstäder. Förbundet och speciellt regionorganisationen Skärgårdshavets Yrkesfiskare kritiserade den muddringsverksamhet som idkades på vissa håll, speciellt i Åbo och i Nådendal, och som ytterligare spred föroreningarna. Förbundet motsatte sig också den täktverksamhet som Morenia Oy ville påbörja utanför Lovisa samt utanför Björneborg och Sastmola. En god nyhet var att reningsverket i St Petersburg färdigställdes och detta började småningom synas som en bättre vattenkvalitet i Finska viken under de följande åren.
Under årsmötet i Åbo framförde förbundets tidigare ordförande Heikki Salokangas att fisket har en betydande positiv miljöpåverkan i och med att fisket tar upp stora mängder av fosfor och kväve ur Östersjön och andra vattendrag samt även dioxiner. Det kom dock att ta många år innan detta fick en bredare acceptans.
Under året var dioxinfrågan igen aktuell i EU och flera beslutsversioner behandlades. Slutligen förlängdes undantaget för Finland och Sverige till 31.12.2011 med vissa villkor.
IBSFC upphör
Internationella fiskerikommissionen för Östersjön (IBSFC) höll sitt sista möte i Visby år 2005 och upphörde officiellt 1.1.2017. I och med att endast Ryssland längre stod utanför EU hade IBSFC förlorat sin position. IBSFC grundades 1974 och förbundet hade deltagit i den finländska delegationen ända sedan 1981.

Förbundets ekonomi förbättrades
Förbundet firade sitt 25-årsjubileum i arbetets tecken.
Efter många svåra år kunde förbundet äntligen göra ett betydande positivt resultat. Förbundet var inte ännu helt på det torra, men riktningen var den rätta. Faktureringen av medlemsavgifterna effektiverades också, fakturor sändes på basen av en anmälan om omsättning som medlemmen sände till förbundet.
Med hjälp av det stöd riksdagen beviljat kunde informationen till fiskeriföretagarna effektiveras. Nätsidorna utvecklades och informationsbrevet Aktuellt om yrkesfiske sändes till medlemmarna.
Suomen Sisävesiammattikalastajat ry (SSAK) grundades under året i Padasjoki. Förbundet konstaterade att förbundets verksamhet i insjöområdet fortsätter som förut trots den nya föreningen.

Säkert yrkesfiske
Förbundet jobbade åren 2004-2005 med yrkesfiskets säkerhetsfrågor. Avsikten var att lyfta fram säkerhetsfrågorna inom yrkeskåren genom ökad informationsverksamhet och genom att peka på olika praktiska lösningar. Tillfällen ordnades på olika orter längs kusten. Ett nära samarbete idkades med Olycksutredningscentralens utredare, sjökapten Risto Repo.

Fiskarkryssningarna fortsatte
Inom SAMPI-projektet som startades av Skärgårdshavets Yrkesfiskare tändes en tanke att arrangera kryssningar för fiskare för att samla fiskare kring aktuella frågor. Timo Saarinen fick den ursprungliga idéen och från och med år 2003 har informations- och utbildningskryssningar ordnats årligen för yrkesfiskare i Skärgårdshavet och Satakunda. Under senare år har kryssningarna haft till och med över 100 deltagare.