Tuottajaorganisaatio
Elintarvikesilakan vienti Venäjälle käynnistyi uudestaan, mutta halvemmalla hinnalla. Elintarvikesilakan kulutus kotimaisilla markkinoilla laski. Teollisuussilakan (rehu) markkinat olivat erityisen vaikeat keväällä.
Edeltävän vuoden kilohailikiintiön ylityksestä keskusteltiin edelleen ja tarkastuksia tehtiin. Niiden ja kiintiövaihtojen jälkeen kalastus pysyi kaikesta huolimatta kiintiön sisällä. Ilmeisesti silakkaa oli jossain määrin virheellisesti ilmoitettu kilohailiksi. Ministeriö ilmoitti siirtymisestä reaaliaikaiseen saalisseurantaan.
Niin sanottu rehukalakomitea neuvotteli rehukeittiöiden kanssa teollisuuskalan hintaodotuksista, mutta tuloksia ei saavutettu. Todettiin, että tämä järjestelmä ei enää toimi uudessa markkinatodellisuudessa.
Tuottajaorganisaatioasia eteni lopulta vuoden aikana. Ministeriö myönsi liitolle tukea valmisteleviin toimiin ja Micaela Fellman palkattiin projektisihteeriksi 12.5. alkaen. Toiminnanjohtaja työskenteli myös hankkeen parissa. Ammattikalastajien Tuottajajärjestö AKTJ perustettiin Porissa 26.11. (23 alusta) intensiivisten valmistelujen jälkeen ja käytännön toiminta aloitettiin seuraavana vuonna. Valitettavasti sen tarina jäi lyhyeksi.
Syksyn kalastukseen 1999 saapui Hellströmin veljesten juuri valmistunut Silva Nova, Suomen kalastuslaivaston suurin ja modernein alus.
Uusi rakennekausi
Agenda 2000 hyväksyttiin maaliskuussa ja kalatalousalan toimenpiteet rahoitettiin rahastosta, jolla oli kaksi ohjelmalohkoa (1-ohjelma ja 1-ohjelman ulkopuolinen ohjelma). Uuden rakenneohjelman laatiminen vuosille 2000-2006 alkoi ja liitto huomautti, että kalastuslaivastoa on uudistettava ja parannettava ja että kalastussatamia on kehitettävä edelleen. Ministeriö järjesti kesäkuussa seminaarin uudesta kaudesta. Toiminnanjohtaja ei ollut täysin tyytyväinen RKTL:n puheenvuoroon, jossa todettiin, että ammattikalastuksessa ei ole tapahtunut mitään viimeiseen viiteen vuoteen eikä seuraavana viitenä vuotena tapahdu mitään. Seurasi kirjeenvaihtoa ministeriön kanssa.
Marraskuussa rakenneasetus hyväksyttiin ja Suomen sisävesi- ja talvikalastusta koskevat erityistarpeet otettiin huomioon.
Satelliittiseurantalaitteita alettiin asentaa suurimpiin aluksiin (>20 m).
Kalastuspoliittinen ohjelma
Ministeriö myönsi liitolle tukea kalastuselinkeinon kalastuspoliittisen ohjelman luomiselle. Toiminnanjohtaja työskenteli hankkeen parissa 1.10.-31.12. ja tuona aikana puheenjohtaja Salokangas toimi virallisesti toiminnanjohtajana.
Lohi ’99
Ruotsi ja Suomi perustivat yhteisen ryhmän selvittämään kalastusta Tornionjoella ja sen suualueilla.

Kansallinen keskustelu lohenkalastuksesta jatkui selkein aluepoliittisin piirtein. Liitto nimitti työryhmän Lohi ’99 valmistelemaan liiton työtä. Ryhmään kuului jäseniä eri alueilta. Prosessi johti lopulta siihen, että koko rannikon ammattikalastajat pääsivät yhteisymmärrykseen lohen ammattikalastuksen tarpeista. Tämä oli tärkeä askel, aikaisemmin jokainen alue oli pyrkinyt ajamaan omaa etuaan. Joitakin muutoksia sääntelyyn ei voitu vielä tänä vuonna saavuttaa huolimatta yhteyksistä ministeri Kalevi Hemilään ja poliittisiin puolueisiin. Muutoksille ei löytynyt riittävää tukea. Ministeriö kirjoitti toukokuisessa lehdistötiedotteessaan kuitenkin, että ministeriö aikoo käynnistää selvitystyön siitä, kuinka Pohjanlahden alueen lohenkalastajien tilannetta voitaisiin helpottaa. Jo 28 prosenttia lohikiintiöstä jäi käyttämättä vuonna 1999.
Förbundet ville att skrotningsstöd ännu skulle beviljas till fiskare som ansökt under år 1998, men medel fanns inte, då medel som reserverats för skrotningsåtgärden överfördes till andra ändamål under året.
Varsinais-Suomen T&E-keskus myönsi liitolle PESCA-avustusta lohen ammattimaisen kalastuksen tilanteen selvittämiseksi. Projekti saataisiin päätökseen seuraavana vuonna.
Hylkeet
Keskustelu hyljeongelmasta kiristyi vuoden aikana. Jo edellisenä vuonna RKTL:n hyljetutkija Eero Helle vieraili liiton vuosikokouksessa ja kertoi kehityksestä. Liitolla oli useita yhteyksiä asiaan liittyviin päättäjiin ja median kautta yritettiin vaikuttaa julkiseen mielipiteeseen. Liitto antoi asiasta myös yhteisen lauselman Svenska Ostkusfiskarnas Centralförbundin ja ahvenanmaalaisten kalastajien kanssa. Baltic Fishermen’s Associationilla oli myös edustaja HELCOMin hyljetyöryhmässä.
Lipposen II hallituksen ohjelmaan oli sisällytetty maininta hylkeistä aiheutuvien vahinkojen korvausten selvittämisestä.
IBSFC 25 vuotta
Kansainvälinen kalastuskomissio IBSFC täytti 25 vuotta. Liitto oli ollut edustettuna Suomen delegaatiossa jo vuodesta 1981. Viimeinen istunto pidettiin Visbyssä vuonna 2005.
Laatustrategia
Kotimainen Kala alkoi laatia alalle laatustrategiaa. Liitto nimitti kalastajaryhmän, joka osallistui strategian valmisteluun. Strategia hyväksyttiin vuonna 2000. Strategian visio oli seuraava: Suomen elinkeinokalatalous tarjoaa kuluttajille korkealaatuista ja vastuullisesti tuotettua kalaa ja kalatuotteita markkinoiden kysyntää vastaavasti. Asiakaslähtöisyys, toiminnan jatkuva parantaminen ja koko ketjun yhteistyö johtavat kannattavaan ja kilpailukykyiseen elinkeinokalatalouteen.
Turvallisuusasioita
Eräiden kalastusalusten turvallisuutta koskeva asetus aiheutti intensiivistä keskustelua. Liiton edustajat olivat jo pitkään osallistuneet asetuksen valmisteluun. Asetus hyväksyttiin lopullisesti tammikuussa 2000.
Järjestöasiat
Hallitus valitsi Lena Talvitien Maalahdesta varapuheenjohtajaksi. Hän oli ensimmäinen nainen tässä pestissä ja kolmas nainen liiton hallituksessa.
Se, että syyskokouksessa 1998 päätettiin olla maksamatta hyvityksiä jäsenmaksuista aluejärjestöille, aiheutti edelleen kitkaa ja Uusimaa uhkasi oikeustoimilla. Operaatio jäi kuitenkin toteuttamatta ja suhteet paranivat vähitellen.
Kevätkokouksessa Carl Gustav Granfors luovutti liitolle puheenjohtajan nuijan. Nuijan olivat valmistaneet Gustav ja John Granfors. Materiaali oli peräisin romutetusta kalastusalus Sonnesta (rakennettu 1959).
Entinen hallituksen jäsen Auvo Typpö hukkui troolari Lean upotessa Selkämerellä huhtikuussa. Lean pari, troolari Nipsu löytyi tyhjänä. Lea saatiin nostettua seuraavana vuonna.
Jäsenten lukumäärä (600) laski edelleen eläköitymisen takia. Suomenlahden Ammattikalastajien toiminta aktivoitiin uudelleen, kun Seppo Partanen tuli puheenjohtajaksi. Kalantuottajat ja Lounais-Suomen Ammattikalastajat lopettivat toimintansa ja niiden sijaan muodostettiin Saaristomeren Ammattikalastajat puheenjohtajanaan Olavi Sahlstén. Inarin Ammattikalastajat liittyivät liittoon, mutta jäsenyys jäi lyhytaikaiseksi.
1990-luvun puolivälissä alkoi verkkosivujen avaaminen ja liitto aloitti vuonna 1998 omien kotisivujensa suunnittelun. Sivu www.sakl.fi voitiin avata vuonna 1999.
Syyskokouksessa käsiteltiin muun muassa tuottajaorganisaatiota. Kokous päätti myös siirtyä uuteen jäsenmaksujärjestelmään vuonna 2000. Aiemmin maksu oli perustunut eri liikevaihtoluokkiin, nyt se muodostuisi perusmaksusta ja prosentista (1 %) jäsenen liikevaihdosta. Iltapäivän ohjelma oli yhteinen Suomen Kalakauppiasliiton kanssa. Rakenteellisista kysymyksistä, Kotimaisen Kalan laatuprojektista ja menekinedistämisestä keskusteltiin.
SAKL, Svenska Ostkustfiskarnas Centralförbund ja Ruotsin TJ (PO Gävlefisk) saivat EU-komissiolta avustusta rajat ylittävään hankkeeseen nimeltä Kalaresurssit Pohjanlahdella. Ensimmäinen seminaari järjestettiin lokakuussa teemalla Biologia ja käyttöstrategiat. Projekti jatkui vuoden 2000 aikana.
Itämeren kalastajien yhteistyö virallistettiin perustamalla Baltic Fishermen’s Association. Tanskalaisten kalastajien esimies Bent Rulle toimi puheenjohtajana. Pohjoismaisissa yhteyksissä käytettiin nimeä Nordiska Fiskares råd.
Työryhmä, joka koostui Raija Karasta (Kotimainen kala), Kim Jordaksesta (SAKL) ja Markku Saihasta (Paapuri Oy), perustettiin tekemään esitettä Kaupallinen kalastus – liiketoimintaa luonnon ehdoilla. Liitto on käyttänyt samaa slogania näihin päiviin asti.
Liitolle annettiin vastuu Kalaviikko 2000:n järjestämisestä. Myös liiton 20-vuotisjuhlaa koittaisi vuonna 2000.
Kalatalousalan järjestöt järjestivät marraskuussa eduskunnassa yhteisen tilaisuuden, jossa oli paljon vierailijoita.