Liiton korkein päättävä elin kokoontuu 20.3 Turussa. Aluejärjestöjen edustajat ja liiton suorat jäsenet tekevät vuosikokouksessa linjapäätökset seuraavan vuoden toiminnasta. Vuosikokouksen hyväksymä toimintasuunnitelma ohjaa hallituksen työtä seuraavan vuoden aikana.

Vuosikokous käsittelee myös edellisen vuoden tilinpäätöksen ja toimintakertomuksen. Tilinpäätös on ylijäämäinen. Vuosikokous myös valitsee hallituksen puheenjohtajan ja hallituksen jäsenet seuraavalle kaudelle sekä käsittelee hallituksen muut esittämät asiat. Vuosikokouksen käsittelyssä on hallituksen esittämä ammattikalastajien edunvalvontaa koskeva mahdollinen organisaatiomuutos.